Trải qua chiều dài 50 năm lịch sử, dưới mái Trường Dược thân yêu, lớp lớp các thế hệ cán bộ, giáo viên, học sinh, sinh viên đã hăng say công tác, học tập và rèn luyện để góp phần tích cực vào sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe của nhân dân.
Quá trình xây dựng và phát triển của nhà trường luôn luôn gắn liền với các giai đoạn cách mạng của dân tộc và là niềm tự hào của các thế hệ cán bộ, giáo viên, học sinh sinh viên đã từng công tác và học tập dưới mái trường. Quá trình ấy có thể chia thành các giai đoạn như sau:
1. Giai đoạn 1965 - 1975
Trường được thành lập đúng vào thời điểm cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân ta bước vào giai đoạn quyết liệt, đế quốc Mỹ đang điên cuồng mở rộng chiến tranh leo thang đánh phá miền Bắc bằng không quân vô cùng ác liệt. Để hoàn thành nhiệm vụ, Nhà Trường phải rời thủ đô Hà Nội sơ tán đến vùng nông thôn thuộc huyện Ân Thi, tỉnh Hưng Yên.
Tại nơi sơ tán, Trường vừa xây dựng cơ sở vật chất, vừa tiến hành nhiệm vụ đào tạo với vô vàn khó khăn thử thách. Cơ sở vật chất, trang thiết bị nghèo nàn; các giảng đường, phòng thí nghiệm, nơi làm việc hầu hết là nhà tranh vách đất; nơi ở của thầy và trò chủ yếu là nhờ vào nhà dân. Được sự chỉ đạo của Bộ Y tế, sự giúp đỡ của chính quyền và nhân dân địa phương, cùng với sự kiên trì phấn đấu không mệt mỏi của thầy và trò, Trường đã nhanh chóng ổn định, vừa xây dựng, vừa thực hiện tốt nhiệm vụ đào tạo mà Bộ Y tế giao cho. Trong 10 năm tại nơi sơ tán (từ 1965 đến 1975), Trường đã đào tạo được hàng ngàn Dược sĩ Trung học cho cả nước và cho các nước bạn Lào, Campuchia. Học sinh của Nhà Trường, sau khi tốt nghiệp đã tỏa đi khắp các chiến trường và mọi miền của tổ quốc để tích cực phục vụ cho sự nghiệp kháng chiến chống Mỹ cứu nước và sự nghiệp chăm sóc bảo vệ sức khỏe của quân và dân trong cả nước, góp phần to lớn vào công cuộc giải phóng miền Nam thống nhất đất nước. Kết thúc cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước cũng là lúc nhà trường kết thúc 10 năm đào tạo tại nơi sơ tán. Trường được chuyển về đóng tại thị xã Hải Dương (nay là thành phố Hải Dương, tỉnh Hải Dương).2. Giai đoạn 1976 - 2006
Giã biệt vùng nông thôn thuộc huyện Ân Thi, tỉnh Hưng Yên, Nhà trường được chuyển đến địa điểm mới trên diện tích 2 ha ruộng trũng nay thuộc phường Thanh Bình, Thành phố Hải Dương, cán bộ, giáo viên và học sinh nhà trường lại hăng say bắt tay vào vừa giảng day, học tập vừa lao động xây dựng cơ sở mới. Ban đầu, các phòng học, nhà ở của cán bộ, giáo viên và học sinh chủ yếu là nhà tranh, vách đất; trang thiết bị làm việc và dạy học từ nơi sơ tán chuyển ra vẫn còn rất thô sơ và thiếu thốn.
Trong giai đoạn này, để phù hợp với mục tiêu đào tạo mà Bộ Y tế, Bộ Giáo dục – Đào tạo giao cho, Trường Trung học Chuyên nghiệp Dược được đổi tên thành Trường Trung học Kỹ thuật Dược (vào tháng 2 năm 1981) rồi trường Trung học Kỹ thuật Dược Trung ương (vào tháng 12 năm 1985) và sau đó lại đổi tên thành Trường Trung học Dược – Bộ Y tế (vào tháng 1 năm 1997).
Từ năm 1986, dưới sự lãnh đạo Đảng, cả nước thực hiện công cuộc đổi mới toàn diện, trong đó có lĩnh vực Giáo dục và Đào tạo. Sau 20 năm thực hiện công cuộc đổi mới (từ năm 1986 đến năm 2006), kinh tế - xã hội đất nước đã có nhiều thay đổi vượt bậc, Giáo dục - Đào tạo được quan tâm đúng mức và đạt được nhiều thành tựu. Thành quả của công cuộc đổi mới đã tạo điều kiện giúp nhà trường đạt được những bước phát triển toàn diện trên nhiều mặt:
Các giảng đường, phòng thí nghiệm, cơ sở làm việc, nhà ở của cán bộ, giáo viên và học sinh đã được xây mới bằng nhà kiên cố, khang trang, sạch đẹp; vật tư, trang thiết bị phục vụ đào tạo đã được thay thế hiện đại hơn; nguồn nhân lực trực tiếp cho hoạt động đào tạo được tăng cường; giáo viên thường xuyên được quan tâm bồi dưỡng về chuyên môn, nghiệp vụ; chương trình đào tạo, mục tiêu, nội dung, phương pháp đào tạo được đổi mới; đa dạng hóa các đối tượng và các loại hình đào tạo; quy mô đào tạo được mở rộng. Có thể nói đây là giai đoạn Trường khẳng định thương hiệu đào tạo Trung cấp Dược được xã hội thừa nhận. Trường đã được Bộ Y tế giao chủ trì tổ chức tập huấn “Hướng dẫn thực hiện chương trình giáo dục Dược sỹ trung học” cho các trường Y tế các tỉnh miền Bắc, đồng thời tổ chức lớp tập huấn “Phương pháp giảng dạy thực hành Dược" cho các trường Y tế của cả nước.