Năm 1978, Trường Trung học Y tế Phú Khánh được thành lập theo quyết định số 2888/QĐ-UB ngày 05/09/1978 của Chủ tịch UBND tỉnh Phú Khánh.
Tháng 08/1989 tỉnh Phú Khánh dược tách thành hai tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa. Trường trở thành trường Trung học Y tế Khánh Hòa với qui mô đào tạo 600 học sinh ở bậc trung học.
Tháng 10/2005, Trường Cao Đẳng Y tế Khánh Hòa được thành lập và được Bộ Y tế và Bộ Giáo dục - Đào tạo giao nhiệm vụ đào tạo cán bộ có trình độ Cao đẳng, Trung cấp và Sơ cấp.
Các loại hình đào tạo của Trường hiện nay như sau:
- Về đào tạo Cao đẳng: (5 ngành) Điều dưỡng đa khoa, Dược sỹ, Hộ sinh, Kỹ thuật Xét nghiệm, Kỹ thuật Hình ảnh.
- Về đào tạo Trung cấp: (9 ngành) Y sỹ đa khoa, Y sỹ Y học cổ truyền, Điều dưỡng đa khoa, Hộ sinh, Dược sĩ trung cấp, Kỹ thuật Xét nghiệm, Kỹ thuật viên phục hình răng, Kỹ thuật hình ảnh y học, Kỹ thuật viên Vật lí trị liệu-Phục hồi chức năng
- Về đào tạo nghề: (3 ngành) Y tá, dược tá, nhân viên xoa bóp.
Trong thời gian tới trường sẽ mở thêm một số ngành, đáp ứng yêu cầu đòi hỏi thực tế của công tác bảo vệ, chăm sóc sức khoẻ nhân dân như: Kỹ thuật Vật lý trị liệu - Phục hồi chức năng, Y tế công cộng; Y học cổ truyền, Y học dự phòng...
Về tổ chức bộ máy:
Từ biên chế 39 ở trường trung học, sau khi có quyết định thành lập trường Cao đẳng, tỉnh đã tăng chỉ tiêu biên chế hàng năm cho nhà trường. Chỉ tiêu biên chế ở thời điểm hiện tại là 116 trong đó giảng viên: 77 giảng viên cơ hữu và 30 giảng viên kiêm nhiệm. Hơn 50% số giảng viên có trình độ sau đại học (Tiến sĩ, Thạc sĩ, CK I, CK II).
Hiện tại nhà trường đang có kế hoạch để tuyển dụng đủ số biên chế được giao và lập kế hoạch bổ sung biên chế cho những năm tiếp theo để trình Sở Nội vụ.
Bộ máy lãnh đạo phòng ban, khoa, bộ môn được củng cố và xây dựng theo quy chế tổ chức hoạt động của nhà trường đã được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt.
Một số thành tích nổi bật của nhà trường:
- Về đào tạo: Từ ngày thành lập đến nay, Trường đã đào tạo được trên 10.000 cán bộ Y-Dược cho tỉnh Khánh Hòa khu vực miền Trung – Tây Nguyên.
- Về hợp tác quốc tế: Trường đã tham gia hợp tác với nhiều dự án quốc tế như Dự án của Hà Lan, Đại học Washington, tổ chức Counter Part, tổ chức Y tế thế giới… nhằm từng bước nâng cao năng lực giảng dạy, trình độ chuyên môn và quản lý cho đội ngũ quản lý, giảng viên của trường.
- Về khen thưởng: Trường đã đạt một số thành tích như sau:
o Được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương lao động hạng III năm 2007.
o Được Thủ tướng Chính phủ tặng cờ thi đua năm 2006.
o Được Bộ Y tế tặng Bằng khen năm 2005.
o Được Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng bằng khen năm 2000.
o Được UBND tỉnh Khánh Hòa tặng 11 bằng khen và 01 cờ thi đua.
Chi bộ Trường liên tục đạt danh hiệu "Tổ chức cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh tiêu biểu".
Định hướng phát triển trong thời gian tới:
- Tiếp tục đầu tư cơ sở vật chất, phát triển đội ngũ giảng viên để tăng quy mô sinh viên lên 2500 – 3000 vào năm 2010.
- Mở thêm các ngành đào tạo mới ở bậc cao đẳng như điều dưỡng chuyên ngành vật lý trị liệu - phục hồi chức năng, gây mê hồi sức, phục hình răng, kỹ thuật sửa chữa bảo trì trang thiết bị y tế, Y tế công cộng, Y học cổ truyền ... để đáp ứng nguồn nhân lực cho Khánh Hòa và các tỉnh trong khu vực.
- Hoàn thiện việc xây dựng trường mới, bổ sung thêm các hạng mục cần thiết. Bổ sung và chuẩn hóa đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý để có cơ sở lập đề án thành lập trường Đại học Y – Dược.
Trải qua hơn 40 năm hoạt động, Trường đã không ngừng củng cố và lớn mạnh, hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, đóng góp rất lớn cho việc đào tạo nguồn nhân lực phục vụ tốt công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe của nhân dân tỉnh nhà cũng như của các tỉnh khu vực miền Trung và cả nước.
