Trước yêu cầu của cách mạng và nhiệm vụ quân đội trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp, đầu năm 1951, Tổng cục Cung cấp (nay là Tổng cục Hậu cần) mở Lớp huấn luyện cán bộ cung cấp đầu tiên do đồng chí Trần Đăng Ninh, Ủy viên Trung ương Đảng, Chủ nhiệm Tổng cục Cung cấp trực tiếp chỉ đạo. Ngày khai giảng lớp học, Bác Hồ đã gửi thư cho cán bộ, học viên, trong thư Người viết: “Công việc cung cấp cũng quan trọng như việc trực tiếp đánh giặc trước mặt trận, cung cấp đủ súng, đạn, đủ cơm áo thì bộ đội mới đánh thắng trận”; đồng thời Người chỉ rõ: “cán bộ cung cấp càng phải làm kiểu mẫu cần, kiệm, liêm, chính”.
Sau 7 năm vừa xây dựng vừa đào tạo cán bộ, từ Lớp huấn luyện cán bộ cung cấp đầu tiên đã phát triển thành Trường sĩ quan Hậu cần (1958) và Học viện Hậu cần (1974). Theo chỉ thị của Bộ Quốc phòng, tháng 8 năm 1980, một bộ phận của Học viện được tách ra để thành lập Trường sĩ quan Hậu cần. Ngày 16 tháng 3 năm 1996, Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 257/QĐ-QP hợp nhất Trường sĩ quan Hậu cần và Học viện Hậu cần. Từ tháng 6 năm 1996, Học viện Hậu cần trở thành nhà trường duy nhất đào tạo cán bộ hậu cần, tài chính cho quân đội, đồng thời là một trung tâm nghiên cứu khoa học hậu cần quân sự.
Ngày 28 tháng 4 năm 1999, Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 547/QĐ-QP công nhận ngày 15 tháng 6 năm 1951 – Ngày Chủ tịch Hồ Chí Minh gửi thư cho lớp cán bộ cung cấp đầu tiên của Quân đội nhân dân Việt Nam là Ngày truyền thống của Học viện Hậu cần.
Hơn nửa thế kỷ xây dựng, chiến đấu và trưởng thành, từ lớp huấn luyện cán bộ cung cấp đầu tiên với 88 học viên, đến nay Học viện Hậu cần đã trở thành trung tâm giáo dục, đào tạo và nghiên cứu khoa học hậu cần, tài chính quân sự có uy tín của quân đội và đất nước.
Trong từng thời kỳ, từng nhiệm vụ, tuy có sự thay đổi về tổ chức nhưng cán bộ, giảng viên, học viên, công nhân viên, chiến sĩ của Học viện Hậu cần luôn tuyệt đối tin tưởng vào sự lãnh đạo của Đảng, Nhà nước, trực tiếp là Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng và luôn nêu cao truyền thống “Tuyệt đối trung thành, chủ động sáng tạo, đoàn kết chặt chẽ, dạy tốt học tốt, gắn với chiến trường, hướng về đơn vị”. Học viện đã đào tạo được hàng vạn cán bộ, nhân viên hậu cần, tài chính cho quân đội; đào tạo được hàng nghìn cán bộ hậu cần, tài chính cho Quân đội Nhân dân Lào và Quân đội Hoàng gia Campuchia; trong những năm gần đây, Học viện đã tham gia đào tạo được 9 khóa cử nhân và kỹ sư dân sự góp phần cung cấp nguồn nhân lực cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa của đất nước. Trong số cán bộ, học viên do Học viện đào tạo, nhiều đồng chí đã trở thành tướng lĩnh, cán bộ cấp cao của Đảng và quân đội; 1 đồng chí được Đảng, Nhà nước tuyên dương Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.
Trong thời kỳ mới, Học viện đã quán triệt tốt nhiệm vụ xây dựng quân đội cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại và Nghị quyết số 29-NQ/TW của Ban Chấp hành Trung ương 8 (khóa XI) “Về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục đào tạo, đáp ứng yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa trong điều kiện kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập quốc tế”, Học viện đã có nhiều chủ trương, biện pháp củng cố tổ chức, xây dựng đội ngũ cán bộ, giảng viên đủ số lượng, cơ cấu hợp lý, có chất lượng cao nhằm không ngừng nâng cao tiềm lực khoa học, chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học. Học viện đã rà soát, đổi mới nội dung, chương trình đào tạo, tiến hành đồng bộ các giải pháp nâng cao chất lượng đào tạo, tập trung chuẩn hóa đội ngũ nhà giáo, cán bộ quản lý. Đến nay, đội ngũ giảng viên của Học viện có sự phát triển cả về số lượng và chất lượng với 100% có trình độ đại học trở lên, trong đó 79,4% có trình độ sau đại học (15,7% tiến sĩ). Từ khi thành lập đến nay Học viện có 8 GS, 62 PGS, 2 NGND, 19 NGƯT, hàng trăm Nhà giáo giỏi cấp Bộ và cấp Học viện. Học viện đã bám sát thực tiễn công tác bảo đảm hậu cần, tài chính, nhất là đối với các đơn vị tiến thẳng lên hiện đại để chú trọng đổi mới mạnh mẽ nội dung, chương trình theo hướng chuẩn hóa, hiện đại hóa; đột phá vào việc nâng cao chất lượng bài giảng và đánh giá kết quả học tập.
Trải qua 66 năm xây dựng, chiến đấu, trưởng thành với những thành tích xuất sắc trong phục vụ chiến đấu, chiến đấu cũng như trong sự nghiệp giáo dục, đào tạo và nghiên cứu khoa học, Học viện vinh dự được Đảng, Nhà nước trao tặng nhiều phần thưởng cao quý: Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước (2002); Huân chương Hồ Chí Minh (2006); Huân chương Sao vàng (2011); 03 Huân chương Quân công hạng Nhất (năm1984 cả Học viện Hậu cần và Trường Sĩ quan Hậu cần đều được tặng thưởng; 2001); 01 Huân chương Quân công hạng Ba (1971); 03 Huân chương Chiến công hạng Nhất (1959, 1967, 1983); 02 Huân chương Chiến công hạng Ba (1989, 1990); 01 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhất (2016); 01 Huân chương Lao động hạng Nhì (1972); 02 Huân chương Itxala hạng Nhì (1999) và hạng Ba (2004) của Nhà nước Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào tặng; Thủ tướng Chính phủ tặng Cờ Đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua yêu nước của Bộ Quốc phòng (2011, 2014, 2015); Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng Cờ Đơn vị tiên tiến xuất sắc (1998).
Truyền thống vẻ vang của Học viện Hậu cần là tài sản tinh thần quý báu được viết nên bằng mồ hôi công sức, trí tuệ và cả xương máu của lớp lớp các thế hệ đi trước để lại, luôn luôn được kế thừa, bồi đắp trong suốt chặng đường lịch sử vẻ vang của Học viện anh hùng. Những giá trị truyền thống đó đã trở thành điểm tựa tinh thần, niềm tự hào, niềm tin sâu sắc, cổ vũ, động viên cán bộ, giáo viên, học viên, nhân viên, chiến sĩ Học viện cùng đoàn kết, thống nhất, tích cực, chủ động, sáng tạo, quyết tâm thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XII, Nghị quyết Đại hội Đảng bộ Quân đội lần thứ X, Nghị quyết Đại hội Đảng bộ Học viện lần thứ XXI, tập trung lãnh đạo, chỉ đạo tạo sự đột phá nâng cao chất lượng giáo dục, đào tạo, nghiên cứu khoa học, xây dựng chính quy, chấp hành kỷ luật, tiếp tục tô thắm trang sử vẻ vang của Học viện những thành tích mới, xứng đáng với niềm tin yêu của Đảng, Nhà nước, Quân đội và Nhân dân.
