Ngày 26 tháng 3 năm 1963, Trường Cán bộ Quân-Dân Y được thành lập tại sông Re Quảng Ngãi, đến năm 1966 do sự phát triển của cách mạng để phù hợp với sự quản lý, Trường được tách thành hai trường: Trường Trung cấp Quân Y trực thuộc Bộ tư lệnh Quân khu V và Trường Cán bộ Y tế Trung-Trung bộ thuộc ban Dân Y đóng tại miền tây Quảng Ngãi.

Do cuộc chiến tranh ở khu vực liên tục khốc liệt, Trường tồn tại trong điều kiện không ổn định, di chuyển liên tục theo cục diện của cuộc chiến tranh, cơ sở vật chất, trang thiết bị và đội ngũ cán bộ phục vụ cho đào tạo vào thời kỳ đầu rất thiếu, quy mô đào tạo nhỏ, từ năm 1963 đến năm 1975, Trường chỉ đào tạo được 1.202 cán bộ y tế gồm các ngành Điều dưỡng, Hộ sinh, Dược sĩ và Y sỹ. Mặc dù, trong giai đoạn này chiến trường miền Nam đang trong thời kỳ gay go ác liệt, việc dạy và học gặp rất nhiều khó khăn, thiếu thốn mọi thứ, tuy nhiên, số cán bộ được đào tạo trong thời kỳ này là những cán bộ có phẩm chất đạo đức cách mạng, vượt mọi gian khó học tập nên trình độ chuyên môn tốt, vừa học vừa phục vụ chăm sóc sức khoẻ thương bệnh binh và tham gia chiến đấu, góp phần không nhỏ trong chiến thắng mùa xuân 1975 và ngày nay nhiều người đã trưởng thành là Giám đốc sở, Giám đốc các Công ty Dược đầy năng động sáng tạo.

Từ 1975 đến nay, nhiệm vụ hết sức cấp bách của Trường là phải đào tạo khá lớn đội ngũ cán bộ y tế cho khu vực nhằm khắc phục những hậu quả của chiến tranh, sức khoẻ nhân dân và các bệnh xã hội đang lan tràn, nhất là các vùng nông thôn, các khu lao động nghèo ở thành thị, đồng bào các dân tộc ở khu vực các tỉnh miền Trung và Tây nguyên. Để giải quyết nhiệm vụ đó, giải pháp đầu tiên có ý nghĩa rất quan trọng của Trường là phải mở rộng quy mô đào tạo trung cấp trên các lĩnh vực Y-Dược. Được sự quan tâm chỉ đạo của Bộ Y tế, Bộ Giáo dục & Đào tạo, dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Đảng bộ Nhà trường, với sự phấn đấu toàn diện của mỗi cán bộ công chức, sinh viên và học sinh, sự giúp đỡ của các trường Đại học Y-Dược trong nước, đặc biệt là sự quan tâm của lãnh đạo Tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng trước đây và Thành phố Đà Nẵng ngày nay, về cơ bản bộ máy tổ chức và cán bộ được kiện toàn khá đồng bộ, các Khoa, Bộ môn đã được xây dựng và có đủ khả năng đáp ứng yêu cầu đào tạo mới.

Hiện nay, về cơ cấu tổ chức Trường có 08 Phòng chức năng, 07 khoa với 38 bộ môn trực thuộc khoa, 03 bộ môn trực thuộc trường và 03 Trung tâm (trong đó có 01 cơ sở khám chữa bệnh) với tổng số 333 CCVC, trong đó có 244 giảng viên (chiếm 73,28%); trong số giảng viên, số có trình độ SĐH 140 người, chiếm 57,4% (gồm 01 PGS.TS, 20 TS, 114 ThS, 05 BSCKI-II), Đại học 103 người, còn lại là trình độ Cao đẳng và trình độ khác. Ngoài ra, trường còn có 34 cán bộ, giảng viên thỉnh giảng gồm 03 GS.TS, 13 PGS.TS, 18 Tiến sĩ.

Đảng bộ Nhà trường nhiều năm liên tục được công nhận là Đảng bộ trong sạch vững mạnh. Sự lãnh đạo trực tiếp của Đảng bộ là nhân tố quyết định sự phát triển vượt bậc của Nhà trường trong suốt những năm qua.