Blast tiếng anh có nghĩa là gì? viết tắt của từ gì?

Nhiều người thắc mắc Bài viết hôm nay  sẽ giải đáp điều này.

Bài viết liên quan:

• ?
• ?
• ?

Trong tin sinh học:

Blast viết tắt của từ Basic Local Alignment Search Tool là một giải thuật để so sánh các chuỗi sinh học, như các chuỗi amino-acid của các protein hay của các chuỗi DNA khác nhau. Khi được cung cấp một thư viện hay cơ sở dữ liệu các chuỗi đó, một tìm kiếm BLAST sẽ cho phép nhà nghiên cứu tìm kiếm các chuỗi con giống với chuỗi có sẵn mà ta quan tâm.

Quá trình để chạy BLAST gồm:

– Chuỗi truy vấn (hay còn gọi là chuỗi đích)
– Cơ sở dữ liệu chuỗi

Thuật toán tìm kiếm của BLAST bao gồm 3 bước sau:

Bước 1: BLAST tìm kiếm các chuỗi con ngắn với chiều dài cố định W có tính tương tự cao (không cho phép khoảng trống gaps) giữa chuỗi truy vấn và các chuỗi trong cơ sở dữ liệu.
Những chuỗi con với chiều dài W được BLAST gọi là một từ (word).
Giá trị W tham khảo cho Protein là 3 và DNA là 11.
Những chuỗi con này được đánh giá cho điểm dựa trên ma trận thay thế (Substitutionsmatrix) BLOSUM hoặc PAM, những chuỗi con nào có số điểm lớn hơn một giá trị ngưỡng T (threshold value) thì được gọi là tìm thấy và được BLAST gọi là Hits.
Ví dụ, khi cho sẵn các chuỗi AGTTAH và ACFTAQ và một từ có chiều dài W = 3, BLAST sẽ xác định chuỗi con TAH và TAQ với số điểm theo ma trận PAM là 3 + 2 + 3 = 8 và gọi chúng là một Hit.

Bước 2: BLAST tiếp tục tìm kiếp những cặp Hits tiếp theo dựa trên cơ sở những Hit đã tìm được trong bước 1. Những cặp Hits này được BLAST giới hạn bởi một giá trị cho trước d, gọi là khoảng cách giữa những Hits. Những cặp Hits có khoảng cách lớn hơn d sẽ bị BLAST bỏ qua.
Giá trị d phụ thuộc vào độ dài W ở bước 1, ví dụ nếu W = 2 thì giá trị d đề nghị là d = 16.

Bước 3: Cuối cùng BLAST mở rộng những cặp Hits đã tìm được theo cả hai chiều và đồng thời đánh số điểm. Quá trình mở rộng kết thúc khi điểm của các cặp Hits không thể mở rộng thêm nữa.
Một điểm chú ý ở đây là phiên bản gốc của BLAST không cho phép chỗ trống (gap) trong quá trình mở rộng, nhưng ở phiên bản mới hơn đã cho phép chỗ trống.
Những cặp Hits sau khi mở rộng có điểm số cao hơn một giá trị ngưỡng S (threshold value) thì được BLAST gọi là “cặp điểm số cao” (high scoring pair) HSP.
Ví dụ, với chuỗi AGTTAHTQ và ACFTAQAC với Hit TAH và TAQ sẽ được mở rộng như sau:

Trong tiếng anh:

Tùy thuộc vào từng loại mà BLAST có những nghĩa khác nhau như:

– Trong danh từ:

Blast có nghĩa là luồng gió, hơi, tiếng kèn

Ví dụ: The blast of a trumpet (tiếng kèn trompet)

– Trong ngoại động từ:

Blast có nghĩa là làm héo úa, khô tàn, nổ tung, phá hủy…

Ví dụ: Frost blasts buds (sương giá làm thui chột nụ cây)

Qua bài viết ? của chúng tôi có giúp ích được gì cho các bạn không, cảm ơn đã theo dõi bài viết.

Để lại bình luận

Để lại bình luận